Το Εργαστήριο της Στοματικής Γναθοπροσωπικής Χειρουργικής ιδρύθηκε το 1959, με το Ν. Διάταγμα 3974/1959 (ΦΕΚ 188/7-9-59 τ.Α΄), με την ονομασία Εργαστήριο Οδοντογναθικής Χειρουργικής.

Μετονομάστηκε σε Εργαστήριο της Στοματικής Γναθοπροσωπικής Χειρουργικής το 1997, με την Υπουργική Απόφαση αριθμ. Β1/434/1997 (ΦΕΚ 987/7-11-97 τ.Β΄).

Ανήκει στον Τομέα Παθολογίας και Χειρουργικής Στόματος, ο οποίος μετονομάστηκε σε Τομέας Στοματικής - Γναθοπροσωπικής Παθολογίας, Χειρουργικής και Ακτινολογίας με την Υπουργική Απόφαση 115899/Ζ1/2016 (ΦΕΚ 2835/7-9-2016 τ.Β΄).

Στο Εργαστήριο Στοματικής Γναθοπροσωπικής Χειρουργικής ανήκει και η Πανεπιστημιακή κλινική της Στοματικής Γναθοπροσωπικής Χειρουργικής στο Νοσοκομείο «Γ. Παπανικολάου».